公司设立党群工作部、人力资源部、综合事务部、财务资产部、运营管理部、项目开发部、项目管理部、审计与风险管理部、安全生产办公室9个部门。
现有全资子公司1家:海南水务投资有限公司;控股子公司14家:定安、陵水、琼中、屯昌、保亭、五指山、澄迈、临高、儋州、昌江、白沙、东方、乐东、海控环保等14市县水务(污水处理)公司;参股子公司3家:琼海、万宁、文昌市县水务(污水处理)公司。